A Escola claustral da Ordem da Santa Cruz em Coimbra começa, sem dúvida, no mesmo ano do início da vida comunitária na mesma Ordem, no dia 24 de fevereiro de 1132, festa do apóstolo São Matias, que neste ano era Quarta-feira de Cinzas. Com a Bula Desiderium quod, do Papa Inocêncio II, a Ordem com a sua Escola claustral tornou-se de Direito pontifício no dia 26 de maio do ano 1135.
Entre os inúmeros professores e alunos, que com sua vida enriqueceram o ensino da Igreja, destaca-se santo Antônio, que para nós é um intercessor que nos acompanha do céu com especial cuidado. Ele se formou em Santa Cruz de Coimbra desde o ano 1211 e foi ordenado sacerdote. Depois do seu trânsito para os Franciscanos, no ano 1220, São Francisco nomeou-o primeiro professor de Teologia da Ordem. No ano 1946, o Papa Pio XI declarou santo Antônio Doutor da Igreja com o título Doctor Evangelicus.
Depois de quatro séculos de história, em que o ensino da Ordem da Santa Cruz em Coimbra demonstrou sempre mais relevância no âmbito acadêmico eclesiástico, finalmente no ano 1539 o Papa Paulo III com um Breve do dia 12 de fevereiro de 1539 concedeu-lhe o reconhecimento da Santa Sé. O Collegium Sapientiæ fazia também parte da Universidade de Coimbra e teve o direito de conceder os títulos acadêmicos até o grau do doutorado.
No dia 12 de novembro de 1988, o Institutum Sapientiæ foi transferido de Coimbra em Portugal para Anápolis no Brasil. Este Instituto recebeu da Congregação para a Educação Católica o direito de conceder o Bacharelado em Teologia.
Com a Constituição apostólica Veritatis gaudium, do Papa Francisco, com data de 8 de dezembro de 2017, foi necessária uma modificação dos Estatutos do Institutum Sapientiæ, de acordo com as normas da mencionada constituição. A isso se acrescentou outra razão para a modificação dos Estatutos: a Congregação para a Educação Católica sugeriu, no final de 2018, a abertura de um segundo ciclo de estudos no Institutum Sapientiæ, com a especialização em “Teologia espiritual”, e a agregação, para isso, a uma Universidade eclesiástica.
Com a data de 15 de outubro de 2023, o Dicastério para a Cultura e a Educação agregou o Institutum Sapientiæ à Pontifícia Universidade Lateranense em Roma e aprovou os novos Estatutos do Instituto. Estes preveem um primeiro ciclo de estudos filosófico teológicos com Bacharelado em teologia e um segundo ciclo de estudos de Teologia espiritual com o título eclesiástico do Mestrado em Teologia espiritual.
A agregação à Faculdade de Teologia da Pontifícia Universidade Lateranense em Roma representa a forma hodierna da nossa tradicional inserção no contexto romano e europeu da pesquisa, do ensino e da espiritualidade. No entanto, fica a ambientação na Igreja no Brasil um constante incentivo para o nosso ensino. O segundo ciclo de Teologia espiritual começará no ano acadêmico 2025.